COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.374902
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.354609
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.321472
2020-09-08 17:00:00 2.364842 2.364842 2.313945
2020-09-07 17:00:00 2.722158 1.860090 2.341011
2020-09-06 17:00:00 2.416035 2.416035 2.348827
2020-09-05 17:00:00 2.432615 2.432615 2.349127

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 3.089144 1.279788 1.450500
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.543079
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.630683
2020-09-08 17:00:00 2.397260 1.444788 1.628894
2020-09-07 17:00:00 2.475248 1.557632 1.611782
2020-09-06 17:00:00 2.716823 2.716823 1.710508
2020-09-05 17:00:00 1.302605 1.302605 1.731211

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 1.957586 1.223491 1.182707
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 1.156141
2020-09-09 17:00:00 2.055800 2.055800 1.108041
2020-09-08 17:00:00 1.054018 1.054018 1.059558
2020-09-07 17:00:00 1.388889 0.159617 0.993891
2020-09-06 17:00:00 2.027027 2.027027 0.928537
2020-09-05 17:00:00 1.054217 1.054217 0.875606

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 0.509879 0.509879 0.998784
2020-09-10 17:00:00 0.573477 0.573477 1.009325
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.078439
2020-09-08 17:00:00 0.684932 0.684932 1.123664
2020-09-07 17:00:00 2.741935 1.135984 1.142199
2020-09-06 17:00:00 1.790451 1.790451 1.156715
2020-09-05 17:00:00 0.972364 1.269629 1.155246

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 3.178520
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 3.229574
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 3.213053
2020-09-08 17:00:00 4.373024 4.373024 3.160016
2020-09-07 17:00:00 5.969332 5.969332 3.190060
2020-09-06 17:00:00 2.052124 2.052124 3.154285
2020-09-05 17:00:00 2.028986 2.028986 3.193059

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.421856
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.378531
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.350273
2020-09-08 17:00:00 2.274377 1.825597 2.319645
2020-09-07 17:00:00 2.690035 2.690035 2.331862
2020-09-06 17:00:00 1.764120 2.490460 2.318719
2020-09-05 17:00:00 2.583026 2.583026 2.307471

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.175167
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.073978
2020-09-09 17:00:00 3.882099 3.882099 2.911889
2020-09-08 17:00:00 2.097902 2.097902 2.759137
2020-09-07 17:00:00 1.646707 1.646707 2.723261
2020-09-06 17:00:00 4.464286 4.464286 2.643245
2020-09-05 17:00:00 4.332449 1.768347 2.488888

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.683015
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.662579
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.645531
2020-09-08 17:00:00 1.439732 1.439732 1.627073
2020-09-07 17:00:00 1.750138 1.750138 1.598701
2020-09-06 17:00:00 1.249232 1.576899 1.573318
2020-09-05 17:00:00 1.617195 1.617195 1.558404

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 5.134830
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 4.838643
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 4.678301
2020-09-08 17:00:00 4.298187 4.298187 4.478421
2020-09-07 17:00:00 13.915094 4.602184 4.346879
2020-09-06 17:00:00 13.389626 6.393245 4.257054
2020-09-05 17:00:00 5.722892 3.132530 4.166215

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.053892
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.066918
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 2.056564
2020-09-08 17:00:00 2.010833 2.010833 2.052486
2020-09-07 17:00:00 1.613620 3.545522 2.041775
2020-09-06 17:00:00 2.398837 2.398837 2.052130
2020-09-05 17:00:00 2.345686 1.447917 2.051915

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 5.086849 5.086849 2.706226
2020-09-10 17:00:00 4.854369 2.427184 2.603173
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.505565
2020-09-08 17:00:00 2.008032 2.008032 2.393924
2020-09-07 17:00:00 1.724138 2.207235 2.242497
2020-09-06 17:00:00 2.478315 2.478315 2.154644
2020-09-05 17:00:00 3.699422 1.965318 2.044199

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.041667 1.195836
2020-09-10 17:00:00 0.655022 0.655022 1.172981
2020-09-09 17:00:00 0.917431 0.917431 1.115246
2020-09-08 17:00:00 1.948052 1.948052 1.125471
2020-09-07 17:00:00 5.142857 5.142857 1.076336
2020-09-06 17:00:00 0.769231 0.769231 1.017314
2020-09-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.985926

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 2.552562
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 2.393048
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 2.284595
2020-09-08 17:00:00 0.921659 0.921659 2.268883
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.167177
2020-09-06 17:00:00 3.225806 1.461378 2.097637
2020-09-05 17:00:00 3.142077 3.142077 2.004396

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 6.714162
2020-09-10 17:00:00 12.330827 12.330827 6.377957
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 6.424936
2020-09-08 17:00:00 1.287554 1.287554 6.131336
2020-09-07 17:00:00 8.673469 8.673469 6.019243
2020-09-06 17:00:00 6.122449 6.122449 5.742663
2020-09-05 17:00:00 9.106529 9.106529 5.493647

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 2.649636
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 2.646041
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.217015 2.633281
2020-09-08 17:00:00 1.838074 1.838074 2.591898
2020-09-07 17:00:00 2.517007 2.517007 2.526424
2020-09-06 17:00:00 2.278275 2.278275 2.499560
2020-09-05 17:00:00 2.630297 2.630297 2.523932

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.428560
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.424839
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.403666
2020-09-08 17:00:00 4.741379 2.320955 2.348194
2020-09-07 17:00:00 2.718078 1.577692 2.305422
2020-09-06 17:00:00 3.919007 2.219756 2.318570
2020-09-05 17:00:00 1.763386 1.763386 2.315097

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.989837
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.902188
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.913645
2020-09-08 17:00:00 4.018913 4.018913 3.861916
2020-09-07 17:00:00 5.640535 5.640535 3.961864
2020-09-06 17:00:00 1.741522 5.407883 3.916127
2020-09-05 17:00:00 3.176931 3.176931 3.932751

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 3.161238
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 3.088551
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 3.040669
2020-09-08 17:00:00 2.579060 2.579060 2.918401
2020-09-07 17:00:00 3.616236 3.616236 2.863498
2020-09-06 17:00:00 1.911157 1.911157 2.783904
2020-09-05 17:00:00 3.233125 3.233125 2.672562

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 2.937063 1.908092 1.740924
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.744263
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.719196
2020-09-08 17:00:00 1.401425 1.401425 1.696415
2020-09-07 17:00:00 1.743947 1.743947 1.701848
2020-09-06 17:00:00 1.861175 1.861175 1.712066
2020-09-05 17:00:00 1.768942 1.768942 1.720086

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 2.579666 2.579666 2.306458
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.247774
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.281675
2020-09-08 17:00:00 0.699301 0.699301 2.216268
2020-09-07 17:00:00 3.282828 1.448468 2.153867
2020-09-06 17:00:00 3.071253 3.071253 2.189996
2020-09-05 17:00:00 1.807910 1.807910 2.130546

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 2.035242
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 2.209123
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 2.219973
2020-09-08 17:00:00 6.493506 6.493506 2.081785
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.564312
2020-09-06 17:00:00 0.000000 0.000000 2.685865
2020-09-05 17:00:00 0.000000 0.000000 2.995596

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 3.009584
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 2.960188
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.871005
2020-09-08 17:00:00 2.379334 2.379334 2.843165
2020-09-07 17:00:00 3.441397 3.441397 2.793212
2020-09-06 17:00:00 5.407855 5.407855 2.779962
2020-09-05 17:00:00 3.530516 3.530516 2.724210

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.089144 1.279788 1.450500
Basilicata 1.957586 1.223491 1.182707
Calabria 0.509879 0.509879 0.998784
Campania 2.076843 2.076843 3.178520
Emilia-Romagna 3.141145 3.141145 2.421856
Friuli Venezia Giulia 3.195489 3.195489 3.175167
Lazio 1.473077 1.473077 1.683015
Liguria 5.470314 5.470314 5.134830
Lombardia 2.246111 2.246111 2.053892
Marche 5.086849 5.086849 2.706226
Molise 1.041667 1.041667 1.195836
P.A. Bolzano 4.718693 4.718693 2.552562
P.A. Trento 4.700162 4.700162 6.714162
Piemonte 3.149171 3.149171 2.649636
Puglia 2.942232 2.942232 2.428560
Sardegna 3.387181 3.387181 3.989837
Sicilia 4.193548 4.193548 3.161238
Toscana 2.937063 1.908092 1.740924
Umbria 2.579666 2.579666 2.306458
Valle d'Aosta 8.333333 8.333333 2.035242
Veneto 3.191293 3.191293 3.009584
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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